建筑工程挂靠经营因其项目生产周期长、作业地域流动性强、施工企业多而杂且良莠不齐，内部管理规范程度不一等特点，主要存在以下几个方面的税收问题：
(一)建筑工程挂靠经营的特殊运作影响税收监控
建筑企业向这些不具备施工资质或施工资质等级较低的私营经济建筑企业、个体建筑户、无证包工队收取一定数额的“管理费”后，就放任自流，一项工程多次分包、转包的情况也不向税务机关报告、备案。在实际中，挂靠双方对外都不会承认挂靠关系，帐务上也未反映挂靠方支付给被挂靠方的管理费等项目。税务机关只能通过取得挂靠双方的协议(最有可能是从被挂靠方取得)，凭协议内的有关工程造价、结算标准、承包形式、上缴管理费等条款，来确定挂靠方的收入，按有关规定对其所得进行征税。假如挂靠双方没有签订此种协议，或者建筑公司(被挂靠方)拒绝提供这些协议，特别是被挂靠方为持有外出经营管理证明的外来建筑公司，税务机关难以查实工程的成本费用。这些都使地税机关难以将这些施工队纳入正常的税收管理，给日常的税款征收和监管带来一定的难度。
(二)挂靠造成建筑安装纳税人企业所得税流失严重
1、对只核算管理费收入的建筑公司来说，工程项目的实际损益在建筑公司的账面上不反映，公司收取的管理费收入有限，除掉公司本身的日常费用开支后，账面上就反映亏损或微利，而建筑安装企业的所得税大都采用查账征收方式管理，结果必然是企业申报缴纳的所得税很少。
2、对会计核算采取“倒扒”方式的建筑企业，财务核算大多数不规范，企业负责人的纳税意识意识比较淡薄，认为公司的钱就是自己的钱，所以在建筑业企业的费用中含有大量为企业负责人开销的与公司经营无关的费用，如向企业负责人支付房贷车贷、子女入学费用，家属的生活费用等，这些费用的列支造成企业所得税严重流失，而企业与项目经理之间领取工程款基本上凭白条或内部工程结算单作为支付凭证，项目经理领款后使用情况没有合法凭证记载反映，税务机关无法实施检查，最终导致建筑安装企业的所得税大部分流入了项目经理的个人口袋;
3、长期以来，建筑业普遍亏损或微利，致使检查人员在对建安企业进行税务检查时，在主观上已形成了一种建筑业无所得税的观念，所以并不把所得税作为检查的重点，通常只对建安营业税及房产税、土地使用税、印花税等地方税种进行结算，而所得税往往只是就表结表，基本上无所得税款查补入库。
4、建筑工程一般周期较长，许多工程项目长期挂账，有时建筑公司故意剩少量的工程尾款，不进行工程决算，造成税务机关在对其检查时无法结算工程项目利润，也就无法计算征收所得税。更有部分建筑企业，虚开建筑企业发票，虚增建筑成本，虽然多缴了部分营业税，但由于营业税和所得税税率之间的巨大差异，造成了所得税大量的流失，而这种偷税方式由于要涉及两个或几个单位，税务机关检查起来非常困难。
5、各地的带征率有所不同，同行业、不同地区之间所得税核定征收标准不一致，导致工程承包方在承接工程项目后，挂靠到征收标准较低的建筑企业，或挂靠到外地建筑企业，致使本地企业所得税税源外流，引发了建筑业税源的无序游动。
(三)个人所得无法得到有效控管
由于多数企业采取工程项目挂靠维持运作的形式，导致挂靠人(项目经理)的个人收入无法核实，企业也未按照规定代扣代缴其个人所得税。究其原因：一是个体建筑户、无证包工队的流动性较大，导致企业无法补扣补缴个体建筑户、无证包工队的个人所得税;二是施工工人的个人所得税征收管理漏洞较大，工人工资的领取，大都由项目经理统一签名领取，工人的人数由项目经理提供，无法确认。还有工程项目招投标及工程合同的签订都是由建筑公司出面，包工头在“幕后”，所以对工程是否属个人承包难以界定。总之，挂靠现象掩盖了个体承包商的存在，致使挂靠人(项目经理)的个人所得无法得到有效控管。
(四)挂靠造成营业税征收的减少
根据《营业税暂行条例》规定，凡是在我国境内提供应税劳务，单位和个人为营业税的纳税人，建筑企业应该是营业税的纳税义务人。但是在挂靠经营下，建筑企业只是表面上的纳税人，工程承包者才是真正的纳税义务人，只有他们才真正知道工程进展到什么程度，工程款已收多少，收到的款项是否已全部申报纳税以及是否有故意延期结算等工程情况。这种隐蔽性给挂靠人偷逃税款提供了便利条件，如：有些挂靠单位向建筑企业直接领取现金时不入账，致使部分应作工程收入的款项长期收入不入账，造成了营业税的减少。
